西藏与云南的归附

窝阔台继位后，派他的次子阔端驻守凉州，正式开始经营西藏地区。公元1240年，蒙古将领多尔达赤率领一支部队深入西藏，对归顺的势力进行招抚，遇到抵抗则武力镇压，很快就顺利地完成了他的使命，拆除了境内各个地方的武装据点，将全藏纳入蒙古帝国的控制之下。接下来蒙古人需要找到一个能够代表西藏的人，当地的高僧推荐了萨迦班智达。班智达是人们对精通佛法以及各种相关知识的高僧的敬称，萨迦班智达的法名是贡嘎坚赞桑布，出自贵族款氏家族。款式家族借助吐蕃王朝崩溃的机会，建立了宗教权威与世俗势力紧密结合的萨迦派教团，萨迦班智达是第四代领袖。在他的领导下，萨迦派已经成为后藏地区最大的一支地方势力。

萨迦班智达收到了阔端邀请他会面的令旨和礼物，从中看到了能给西藏带来安定，并且使萨迦派发扬光大的机会，于是不顾年老体衰，在公元1244年年底带着两个侄子八思巴和恰那多吉毅然前往凉州。第二年，他与阔端得以见面，并以西藏方面全权代表的身份通过畏兀儿翻译与对方进行会谈，取得了很好的效果。班智达给西藏僧俗领袖们发出了著名的《萨迦班智达贡噶坚赞致乌思藏善知识大德及诸施主的信》，确认了西藏归附，规定了西藏人应尽的义务，又保证了各方首领降附后的利益，而且还确立了萨迦派在西藏僧俗中的领袖地位。从此，作为疆土的一部分，在蒙古由草原国家向中原正统王朝转化的过程中，西藏正式进入了中国版图。

在蒙哥即位后开始的新一轮征服中，总理漠南汉地军国庶事的忽必烈受命攻取大理，为灭亡南宋做准备。这是忽必烈第一次指挥大规模军事行动，他与大将兀良合台于公元1253年秋冬时节率领十万大军借道吐蕃，攻入大理境内。大理的军队进行了顽强的抵抗，但仅仅过了几个月，国都大理城就被攻克。此后，忽必烈北返，将余下的事务交给了兀良合台。大理国王被俘后最终衷心归顺，并且亲自指挥部众带领蒙古军平定了大理全境和周边部落。之后，蒙元政府陆续在大理设立了各级管理机构，使之成为版图中的一部分。