上篇所述，继悟空之后，另一灵明石猴降世，几乎摧毁了花果山。幸而沉香坐镇，化解了危机。八位佛道两家的大能纷纷来到天庭，就石猴之事进行商议，他们担心石猴会重蹈悟空千年前的覆辙。此时，天外天传来一道耀眼的光芒，“那位”究竟是何方神圣？
正当玉帝与诸位佛菩萨、三清道祖陷入沉思之际，一道祥和的光芒从天外天自凌霄殿外透入，殿内所有人的目光都聚焦在光芒的源头。一道身影缓缓地从光芒中显现，他身着朴素的道袍，手持拂尘，面容慈祥，双目如星辰般明亮。他的出现，似乎带着一种不可言喻的宁静与智慧，让在场的众神都感到一种莫名的安心。
菩提祖师微微一笑，环顾四周，然后缓缓开口：“诸位道友，不必惊慌。我今日来此，乃是感应到天地间又一灵明石猴的诞生，特来为他指引前路。”后又对玉帝说道：“昊天金阙无上至尊自然妙有弥罗至真玉皇上帝，悟空从来就不是无师自通，他乃我过去世首席关门弟子，当初我知他定会在三界间酿成大祸便不许他对外宣称为我座下弟子，叫他历劫担起取经重任，安定众生，降妖除魔，悟空小时候虽顽劣确是秉性纯良，在我灵台方寸山之时亦认真听教，所以才能安然走完十万八千里、三三之劫九九之难，如今怹早已得成正果，我本就不是三界及五行之中的存在，奈何如今三界即将历经一场重大浩劫，而这个浩劫的变数就是这只猴儿和那位我无法窥探的存在。”
药师如来听了问道：“敢问祖师，那连您都无法窥探的存在可是早已跟悟空大打出手的那位来自影界的教主？”此时一旁的悟空泪水夺眶而出，没错，真的是泪水，觉悟者没有的泪水，也难怪，事过境迁，历经千年的沧桑，这位对悟空一生影响重大的“师父”终于告知三界，公开了他这个关门弟子，这对悟空来说无疑是一种心灵的慰籍、灵魂的升华，这千年来，对于悟空来说，他与菩提祖师的情谊成了他一生的倒刺；悟空收拾心情对祖师道：“师父！”说罢，只见悟空重重的跪倒在菩提祖师跟前，菩提祖师亦很不是滋味只叹道：“唉~徒儿，千年来，委屈你了。”说罢，菩提祖师从五彩祥云上下来将悟空扶起，此时此刻，或许也只有两位当事人明白“徒儿”这两个字的含金量了！悟空起身目光转向药师如来双手合十道：“世尊，悟空确已和那恶魔交手。那个恶魔可怕异常，他可化身为六耳猕猴运用我的所有能力，包括法天象地，亦可化为几百年前的黑衣无天蛊惑心智，原型则是人间帝王朱元璋最恶一面，我虽将其击败，但我深知他绝未真正消散，而悟空的力量恐怕也不足以将其彻底毁灭。”药师如来听了道：“起初，我予你道我药师三藏真经的妙用可救得那东土愚痴众生，殊不知那人间帝王的心魔已幻化到如此程度，如今看来，让他们只往我净琉璃世界取经还不够，我等还需合力将这影界教主消灭殆尽，为众生争取大福报、大和平。”菩提祖师道：“大医王佛，人间的魔障是不可能消失殆尽的，尔等能做的只有创造出更大的善意去抵制恶意，您的法药三藏亦重要非凡，而未来的东方取经之路不比玄奘师徒，这一路上的妖魔必是人间及取经人自己的心魔所化，这一路，不好走啊！”悟空道：“师父，小悟是此事件当中最重要的变数，最终的敌人恐怕不是那暗影之主这么简单。”菩提祖师点了点头，目光转向玉帝：“穹高上帝，我与胜佛师徒一场，今日我便为你们分忧。决定亲自前往花果山，将这位新生的石猴引向正道，但是这猴儿的师徒之缘在胜佛而不在吾，我只帮悟空祛他与生俱来的戾气，剩下的，就烦各位道友劳心了。”
玉帝听闻此言，心中顿时涌起希望，忙问：“祖师，您能教导这位新出世的石猴，使其不走悟空的旧路吗？”菩提祖师则回以一笑，转身乘七彩祥云离去。斗战胜佛乘上筋斗云亦欲随菩提祖师一道返回花果山，临行前，斗战胜佛又转身对玉帝道：“陛下，请您放心。此猴儿绝不会重蹈千年前“大闹天宫”的覆辙，我定勤加约束，使他一生光明大道。”
说罢，菩提祖师和斗战胜佛的身影渐渐消失在光芒之中，而凌霄殿内的众神，心中都充满了对未来的希望和期待。他们知道，有了菩提祖师的指引，新的灵明石猴定能走上一条不同的道路，为三界带来新的希望与和平，药师三圣及旃檀功德佛与三清为了随时应变接下来可能发生的一切灾难一齐留在了凌霄宝殿，而净琉璃世界那边药师琉璃光如来幻化出七个分身，称药师七佛在琉璃世界教化众生。
菩提祖师和斗战胜佛降临花果山，悟空与菩提祖师进入了水帘洞，为了防止石猴诞生时所带出的戾气暴走导致石猴失控，正在尽全力的带着猴儿参禅打坐默念《斗战胜佛心法》，然而，石猴灵力太强，即便是拥有着莫大法力的沉香也是能力有限，那股戾气终究还是暴走了，那猴儿突然双目泛红如鲜血一般化成一道强有力的红光双手握拳起身大叫：“啊！！！”沉香被带着强大恶意灵力弹出数米远，所幸的是猴儿自身还小没对沉香造成巨大伤害，沉香借着宝莲灯的灵力安然落地半跪在地上，悟空见状现佛身，念动斗战胜法三藏将暴走的猴儿镇压，不多时猴儿便恢复了平静，此时拥有着庄严佛身的斗战胜佛呼唤：“小悟！醒来”这声“小悟”仿佛跨越了时空，这猴儿虽是第一次听到这个名字却毫不感觉陌生，猴儿睁开眼，见到斗战胜佛的丈六金身仿佛从以前开始就非常熟悉一般跪倒在地双手合十开口叫到：“师父！”菩提祖师见状心中很是欢喜，笑道：“哈哈，这猴儿果然不凡！”孙小悟眼里的菩提祖师道骨仙风，面容清矍，发髻高挽，两鬓斑白，眉宇间透出一股超凡脱俗的气质。双目深邃，仿佛能洞悉人心，闪烁着智慧的光芒。鼻梁挺直，唇角微扬，透露出一丝慈祥的笑意。身着一袭素净的道袍，袍角随风轻轻摆动，更显得他飘逸出尘。双手常持拂尘，行走间步履轻盈，宛若行云流水，不沾尘埃、深不可测的修为相得益彰，让人一见便知非同凡响的道人异常神奇却又毫不陌生，他转身跪倒在菩提祖师跟前：“弟子参见师祖。”斗战胜佛见了非常疑惑：“这猴儿认识我许是因为和我一卵同生，冥冥之中有了感应，可为何他会认得菩提祖师，还知他为师祖？”超出三界外不在五行中的菩提祖师就是强大，轻摇拂尘之间便已得知真相：“悟空，这猴儿继承了你不少记忆，且他天资聪慧、天赋异禀，全然不是像你刚出世时那般不谙世事，这猴儿有一天机，我等皆不可窥探，只可留给定数，现在我且尽些人事，其他的就只能交给你们了。”说完，菩提祖师轻抚石猴的头顶，一股清凉之气流入石猴体内，瞬间消除了他身上的戾气，石猴的双眼渐渐变得清澈。
“石猴儿，你已得天地灵气，本应造福三界，但若不加引导，恐成大患。”菩提祖师语重心长地说。
斗战胜佛则在一旁点头，他深知石猴的潜力与风险并存，于是说道：“从今往后，你便姓孙，为师予你以‘小悟’为名，望你能继承我的意志，及一切力量和善意，但是，你虽为我徒儿，未来的路还需自己走。我教你毕生所学，不久的将来你要与你大师兄沉香前往东土大明，寻得取经人，护他周全，往东方净琉璃世界拜佛求经救度众生，这是你的宿命，待到适时，汝亦坐莲台。”
孙小悟听后，心中豁然开朗，他抬头望向菩提祖师和斗战胜佛，眼中充满了坚定：“我愿听从师父和师祖教诲，不再让三界再生充斥着恶意的波澜。”
菩提祖师满意地点点头，他从袖中取出一卷经书，递给小悟：“此乃《灵明心经》，你若能参透其中奥义，自可成就非凡。”
小悟接过经书，郑重地收入怀中。菩提祖师见状，嘱托了斗战胜佛几句便离开花果山，返回天外天，孙小悟和刘沉香亦行大礼目送师祖乘空离去。