夏悠从多罗碧加乐园那场惊心动魄的灾难中死里逃生，却陷入了一个更加荒诞离奇的噩梦——他和工藤新一居然变小了。
两人拖着沉重且疲惫的身躯，朝着阿笠博士家的方向蹒跚前行。一路上，夏悠的大脑一片空白，他时不时低头看看自己那双变得小巧稚嫩的手，满心都是茫然与恐惧，嘴里不停呢喃：“这到底是怎么回事，怎么会这样……”工藤新一，现在得叫他江户川柯南了，尽管内心同样翻江倒海，但多年的侦探素养让他努力保持镇定，“别慌，阿笠博士肯定有办法，他是个天才发明家，一定能帮我们。”
终于，他们站在了阿笠博士家的门前。柯南抬手按响门铃，那清脆的铃声此刻听来却无比刺耳，打破了周遭的死寂。门缓缓打开，阿笠博士那熟悉又慈祥的面庞出现在眼前，可下一秒，他的笑容就僵住了，目光在柯南和夏悠身上来回打量，满脸都是震惊与疑惑：“新一？这……这是怎么回事？这个小朋友又是谁？”
柯南和夏悠走进屋子，一屁股坐在沙发上，像是被抽去了所有力气。柯南深吸一口气，努力让自己的声音保持平稳，将在多罗碧加乐园的遭遇，从发现黑衣人的神秘交易，到被追杀，再到被迫服下毒药身体缩小，一五一十地告诉了阿笠博士。夏悠坐在一旁，时不时补充几句，
阿笠博士听完，眉头紧紧拧成了个“川”字，在屋里来回踱步，嘴里喃喃自语：“太可怕了，黑衣组织竟然疯狂到这种地步……”
夏悠抬起头，眼中满是无助与迷茫：“博士，我们该怎么办？我不想一直这么小，双手紧紧攥着衣角。
阿笠博士停下脚步，走到他们身边，拍了拍他们的肩膀，没事我一定会想办法的。这些年我一直在研究各种发明，说不定能找到破解这毒药的方法。”说着，他走到一个巨大的书架前，翻找出一本厚厚的笔记本，上面密密麻麻记录着各种奇思妙想和实验数据。
柯南扶了扶眼镜，镜片后的眼神透着坚定与思索：“博士，我们不能只等着恢复身体，黑衣组织肯定不会善罢甘休，我们得主动出击，寻找他们的线索，不能让他们再继续作恶。”
阿笠博士点了点头，从抽屉里拿出两个小巧的装置，递给他们：“这是我新发明的追踪器，虽然还不太完善，但关键时刻或许能派上用场。你们出门一定要小心，千万别再被黑衣组织盯上了。”
夏悠接过追踪器，放进兜里，看着阿笠博士和柯南。
就在这时，窗外突然闪过一道黑影，柯南和阿笠博士瞬间警觉，柯南一个箭步冲到窗前，可窗外除了一片漆黑，什么也没有。
难道是他们吗？三人陷入了短暂的沉默，气氛压抑得让人喘不过气。良久，柯南打破沉默：“不管怎么样，我们都不能退缩。从现在起，我们就是一个团队，一定要揪出黑衣组织，让他们为所做的一切付出代价。”
夏悠点点头，眼神中透着与年龄不符的坚定。阿笠博士看着两个孩子，眼中满是欣慰与担忧：“好，那我们先从黑衣组织在多罗碧加乐园的交易查起，说不定能找到他们的下一个目标。”