一 从因俗而治到改设行省：清朝治理新疆方式的转变

（一）清朝对新疆的因俗而治

清朝初期，新疆尚未处于王朝实际统治之下，北部为准噶尔部游牧地，南部由封建领主控制。南疆东部的哈密、吐鲁番等地处于早期领主制阶段，西部的塔里木盆地由伯克统治，“处于正向封建地主制过渡的封建领主制”。[4]乾隆朝统一新疆后，确立了因俗而治的治边方略，在北疆蒙古、哈萨克游牧地区以及哈密、吐鲁番实行札萨克制，在南疆的塔里木盆地实行伯克制，同时，根据大量内地汉人进入巴里坤至乌鲁木齐一带从事农业生产的实际情况，在土地开垦集中的地区设置州县。札萨克制、伯克制、郡县制并存的管理体制一直延续到清朝末期。总体来看，清朝通过治理方式多元化，在统一新疆后快速完成了对新疆的统合。

清朝统一新疆后在新疆采取因俗而治的政策，实施多元化治理，既是自身国势强盛、有能力震慑边疆地区的体现，同时也与西北边疆周边形势密不可分。统一伊始，清朝在新疆的统治范围以西是哈萨克、柯尔克孜各部落的游牧地，再向西则是向清朝朝贡的汗国、部落。直至18世纪末以前，日后对新疆影响最著的英、俄两国势力尚未靠近新疆。英国势力远在恒河中下游，俄国则在奥伦堡、彼得罗巴甫洛夫斯克、谢米巴拉金斯克一带经营。既无外部威胁之虞，清廷尚有震慑之威，加之清朝在南疆地区较诸准噶尔统治时期实行轻徭薄赋政策，[5]新疆因之在乾、嘉两朝保持了六十余年的稳定。

19世纪初，平静的外部环境被打破。彼时，浩罕国开始崛起于费尔干纳盆地，其势力并向喀什噶尔地区渗透，张格尔之乱以后，借机侵扰新疆，染指喀什噶尔，鼓吹“把胜利之军开进喀什噶尔，占领它，使之听命于我们威严的汗的统治”。[6]19世纪中叶以降，俄国势力侵入巴尔喀什湖以东以南地区，逼近伊犁；英国则占据了印度河流域，染指克什米尔，逼近新疆西南边界。

在外部环境恶化的同时，清朝对新疆内部的掌控亦出现危机，这在由伯克治理的南疆地区表现得尤为明显。乾隆朝统一新疆后，虽然通过废除伯克的世袭制、削弱伯克治权、政教分离等手段将伯克“由世袭土官改为朝廷流官”，[7]但这种有限度的改土归流并未改变南疆基层治权由伯克掌控的本质。道光年间，此种有限度改土归流的弊端逐渐暴露。伯克长期垄断基层治权，造成清政府垂直管理的断层，南疆基层民政事务已脱离清政府的管控。同时，伯克对基层治理的把控造成清政府的轻徭薄赋政策并不能惠及普通民众，伯克在辖地内大肆兼并土地，阶级矛盾日益突出，道光年间的乌什事件即由阿奇木伯克阿卜杜拉的暴虐统治引发。内外情势说明清朝统一新疆以来的治理观念和治理方式已无法继续将新疆置于有效控制之下，必须变革治理理念和治理方式，以达到重新统合新疆的效果。

清朝在新疆因俗而治的目的在于借助族群精英施行有别于行省体制的间接治理，以最小成本将新疆纳入王朝疆域。乾隆朝以降，新疆虽时有叛乱发生，而嘉、道、咸各朝尚能平叛有方，新疆未成肘腋之患。但至同治朝，列强对清朝边疆地区尤其是对传统藩部地区的渗透和侵占日甚，继而酿成影响清朝疆域形态的边疆危机，新疆在整个疆域中的地位遂成为一个突出问题。这在海防与塞防之争中有突出的表现。

（二）海防、塞防之争与清朝治理新疆理念的转变

19世纪60年代以降，列强势力不断向新疆渗透，新疆治理危机凸显。为了应对危机，避免新疆从王朝疆域中脱离，清朝对治疆理念进行大幅调整，此种调整突出表现在海防与塞防之争中。同治四年（1865），中亚浩罕汗国军官阿古柏入侵新疆喀什噶尔，不数年，侵占了南疆各城。同治九年（1870），阿古柏又入侵北疆，占领乌鲁木齐、吐鲁番等地，新疆大部落入阿古柏手中。此时，与新疆接壤的沙俄亦趁机进犯新疆，于同治十年（1871）五月入侵伊犁，扬言“伊犁永归俄辖”，[8]并向其他地区扩张，控制了准噶尔盆地西部地区。

面对外部势力的入侵，清政府并未采取及时有效的措施，在得知俄军侵占伊犁，“尚欲带兵前往收复乌鲁木齐”后，[9]方采取应对之策，命身在乌里雅苏台的署伊犁将军荣全速赴伊犁与沙俄谈判；命在甘肃高台的乌鲁木齐提督成禄带兵出关，会同驻扎甘肃安西的哈密帮办大臣景廉谋划收复乌鲁木齐；命刘铭传从甘、凉一带出关；命陕甘总督左宗棠接替成禄的防务。与此同时，清政府分别在塔城和北京与沙俄代表谈判，但毫无结果。[10]但在谈判过程中清政府逐渐意识到沙俄“不止在要求重币，亦不仅窃踞伊犁，将尽新疆之地皆为己有而后已”。[11]

然而就在此时，日本于同治十三年（1874）春以琉球船民在台湾遇害为借口，出兵侵犯台湾。十月，清政府接受英、美、法等国的调停，与日本签订中日《北京专约》，赔偿日本白银五十万两，承认琉球是日本属国。

面对西北与东南同时出现的边疆危机，廷臣疆吏在国防战略重点的选择上出现了严重分歧，由此引发了中国近代史上的海防与塞防之争。同治十三年（1874）十一月，直隶总督李鸿章上《覆奏海防条议》，力主海防，放弃新疆。两江总督李经羲、山西巡抚鲍源深、河南巡抚钱鼎铭、闽浙总督李鹤年以及沿海省份地方官员多赞成其说，并得到醇亲王奕譞、刑部尚书崇实等重臣的支持。陕甘总督左宗棠力主收复新疆，海防与塞防并重，得到了军机大臣文祥、湖南巡抚王文韶、江西巡抚刘秉璋、江苏巡抚吴元炳、漕运总督文彬等官员的支持。从双方的观点来看，海防与塞防之争的核心问题是，在内忧外患背景下，如何重新定义疆域以及新疆在疆域中的地位问题，即新疆是可弃之夷地还是必争之祖业。

关于新疆之地位，海防派代表人物李鸿章从海防重于塞防立论，认为“新疆不复，于肢体之元气无伤，海疆不复，则腹心之大患愈棘”，继而主张中国无久守新疆之能力，应弃守新疆，称“近日财用极绌，人所共知，欲图振作必统天下全局，通盘合筹而后定计，新疆各域自乾隆年间始归版图，无论开辟之难，即无事时岁需兵费尚二百余万”，但“徒收数千里之广地而增千百年之漏卮”，“其地北接俄罗斯，西界土耳其、天方、波斯各回国，南近英属之印度，外日强大，内日侵削，今昔异势，即勉图恢复，将来断不能久守”；“论中国目前力量，实不能兼顾西域，师老财匮，尤虑别生他变”。他主张仿照曾国藩“暂弃关外，专清关内”之议，“但严守现有边界，且屯且耕，不必急图进取”，“招抚伊犁、乌鲁木齐、喀什噶尔等回酋，准其自为部落”，如越南、朝鲜略奉正朔即可，如此“两存之则两利”。[12]此种主张实际上是将新疆在疆域中的地位由藩部降为属国，将新疆边缘化，放弃清朝收复新疆以来对新疆的治权。

海防论的核心观点是弃守新疆，但弃守新疆并非肇端于海防与塞防之争，而是有着复杂的历史渊源。自乾隆朝平定新疆以降，清廷官员不断对踞守新疆进行“成本评估”，即使在乾隆戡定新疆之初，因每年从内地援拨新疆二三百万两白银，就有人认为这是“耗中事西”，[13]得不偿失。此后，每当新疆出现战事或危机，弃守新疆的言论就会随之而起。清中叶以后，国力式微，大和卓的后裔不断在南疆制造叛乱，此时一些官员认为新疆已成为一个沉重的负担，“取之虽不劳，而守之或太费”，[14]主张放弃新疆。道光朝清军进剿张格尔之乱克复西四城后，参赞军务武隆阿建议“西四城各塞环逼外夷，处处受敌，地不足守，人不足臣”，“与其糜兵饷于无用之地，不若归并东四城”。[15]1830年，在平定玉素甫入寇过程中，署理陕甘总督鄂山再次主张西四城“防守实难周密”，“又值糜饷劳师，以国家有用之经费，用之于无益之荒陬”，不如令其仿土司之制自行保护。[16]咸同年间，随着边疆危机的加深，弃守新疆的言论更是甚嚣尘上。1857年，署理甘肃布政使张集馨提出除乌鲁木齐、伊犁两地外，放弃新疆其余各城，“回八城防兵及办事大臣撤回”，“南路如果裁撤安静，再议北路”。[17]至同治末年，随着阿古柏和沙俄势力对新疆侵略的加深以及东南方向海疆危机的爆发，弃守新疆的言论得以集中出现并在封疆大吏、廷枢要臣中获得了更广泛的支持。

有清一代弃守新疆的言论亦有着深刻的思想根源。在华夷之辨框架下，时人大多认为新疆在疆域构造中的重要性远逊于中原地区，因此，一旦边疆地区出现危机，就有人提出舍弃这些地区以求中原的安定。不独廷臣疆吏，彼时时论亦有“慎固封守”新疆未失之地，已失之地“不必急急于此时”之论。[18]且此种言论此后也未因海防、塞防之争结束而终结。[19]李鸿章之后，谭嗣同更是提出将蒙古、新疆、西藏分卖于英俄，“结其欢心，而坐获厚利”。[20]

与海防派在华夷之防框架内讨论新疆在王朝疆域中的地位问题并得出新疆可弃的观点不同，塞防派更多地将新疆视为“祖宗基业”，而非可以随意放弃之地。

左宗棠从历史上新疆对于整个疆域的完整和安全的重要性角度说明新疆之不可弃：“伊古以来，中国边患，西北恒剧于东南”；“我朝定鼎燕都，蒙部环卫北方，百数十年无烽燧之警”，“盖高宗朝削平准部，兼定回部，开新疆，立军府之所贻也”；“重新疆者，所以保蒙古，保蒙古者，所以卫京师”；“若新疆不固，则蒙部不安，匪特陕、甘、山西各边时虞侵轶，防不胜防，即直北关山，亦将无安眠之日”；“今之与昔，事势攸殊，俄人拓境日广，由西而东万余里，与我北境相连，仅中段有蒙部为之遮阂，徙薪宜远，曲突宜先，尤不可不预为绸缪者也”。[21]其中，新疆、蒙古、京师三者在国土防卫方面的连带关系是左宗棠力主收复新疆最重要的逻辑支撑。

表面上的零和之争并未产生非此即彼的结果，清廷最后实际上同时接受了海防派与塞防派的主张，海防、塞防并重，光绪元年（1875）五月三日颁谕：“左宗棠奏海防塞防实在情形并遵旨密陈各折片，所称关外应先规复乌鲁木齐，而南之巴、哈两城，北之塔城均应增置重兵以张犄角，若此时即停兵节饷，于海防未必有益，于边塞大有所妨，所见甚是”，任命左宗棠“以钦差大臣督办新疆军务”，令西征部队“速筹进兵，节节扫荡”；[22]五月三十日，又在海防上做出人事安排，任命李鸿章为北洋大臣，沈葆桢为南洋大臣，主持海防。[23]海防、塞防并重反映了彼时清廷在国力式微、无力以祖宗成法统合疆域的情境下，对王朝领土、边界、主权的再次确认和界定。[24]但这一决定并未终止海防与塞防之争，随着左宗棠收复新疆进程的推进，争论仍在持续。

从光绪二年（1876）八月清军发动收复新疆的第一场战役至该年十一月，清军接连收复米泉、乌鲁木齐、玛纳斯等要地，在北疆的阿古柏势力被剿除。清军的顺利进军并未消除有关新疆的争论，此时争论的焦点是清军应该进军到何处，即完全收复新疆还是部分收复新疆。

武英殿大学士文祥此前虽力挺左宗棠收复新疆，但他实际上主张以收复乌鲁木齐为终点，“乌垣既克之后，宜赶紧收束，乘得胜之威，将南八城及北路之地酌量分封众建而少其力”，“慎勿因好大喜功，铺张过甚，致堕全功”。[25]与李鸿章同主海防的鲍源深奏称：“自乌鲁木齐、玛纳斯二城克复，天威已足远震，似规取南路之举尚可缓进徐图。”[26]帝师、户部右侍郎翁同龢也认为收复北疆已达到目的，如进军南疆则是“空中原而营石田”的徒劳之举。[27]出自李鸿章门下的郭嵩焘认为收复北疆“得一镇守乌鲁木齐之大臣，信义威望足以相服，可保百年无事”，[28]主张放弃南疆。

停兵北疆的主张虽甚嚣尘上，但力主收复全疆的左宗棠不为所动，继续进军，并于光绪三年（1877）五月取得重大胜利，打开了南疆门户，阿古柏身死。光绪三年六月，在“南八城门户洞开”之际，清廷密谕左宗棠“统筹全局，直抒己见”，[29]“体察情形，斟酌核办”。[30]左宗棠因之于光绪三年七月二十六日、十月七日分别上《遵旨统筹全局折》和《复陈办理回疆事宜折》。他在两份奏折中力主南疆“地不可弃，兵不可停”，认为以饷源而言，南疆富饶过于北疆，“若全境收复，经画得人，军食可就地采运，饷需可就近取资，不至如前此之拮据忧烦，张皇靡措也”。[31]在左宗棠的坚持下，加之军事上的节节胜利，清政府最终下定决心收复全疆。光绪三年十二月，西征军肃清和田之敌，取得完全胜利，收复了除伊犁外的全部新疆地区。此后，清政府致力于收复伊犁，先后派崇厚、曾纪泽与沙俄交涉，同时命左宗棠在新疆备战。光绪七年（1881），曾纪泽代表清政府与沙俄签订《中俄伊犁条约》，中国收回伊犁和特克斯河流域的部分领土。

从海防与塞防之争的全过程来看，这场争论有狭义与广义两个层面。狭义的海、塞之争以清政府决意海防、塞防并重，出兵新疆止；广义的海、塞之争则以《中俄伊犁条约》签订止。海防与塞防之争为我们考察清朝治疆理念的转变提供了一个具象的载体，海防与塞防之争的过程也是清朝治疆理念转变的过程，抑或可以说海防与塞防之争是清朝治疆理念转变的表现形式。从中我们可以发现，面对治理危机，清朝的治疆理念已由夷夏之防框架下的内外之分转变为国家治理体系内的远近之别。

（三）改设行省：治理新疆方式的转变

光绪十年（1884），新疆改设行省。行省制对于新疆而言是全新的政制形式，其面对的“对手”是曾经施行于南疆的伯克制和遍布全疆的军府制。

1.行省制对伯克制的取代

早在收复新疆之前，朝野就对伯克制暴露出的问题进行了反思，并提出改革办法。清政府提出“阿奇木之权宜分，格纳坦（苛捐杂税）之私派宜革，回人之差役宜均，赋役之定额宜明”。长龄提出在南疆伯克统治各城设置同知、巡检等流官，以加强对基层民政的管控。[32]那彦成主张“严正贿补伯克之弊，定其资格，慎其保举，判其回避”。[33]对倭里罕之乱善后的扎拉芬泰提出“简伯克以重扶绥，平差徭以杜苛派”。[34]龚自珍则在《西域置行省议》中直议在新疆设立行省，彻底剥夺伯克之权。以上主张的共同点是试图在基层民政方面改变通过伯克间接治理的模式，实行国家直接治理，但此类提议直到左宗棠收复新疆、新疆建省以后才得以实现。

在收复新疆的战争状态，一方面，伯克自身的财产受到冲击，开始走向没落；另一方面，基层民众对伯克的人身依附关系出现松动，伯克制的统治基础与战乱之前相比已不可同日而语。故此，战乱平定之后，伯克旧制已“万难再图规复”。[35]左宗棠因之主张抓住“天事、人事均有可乘之机”，[36]废伯克，置行省。新疆建省后，伯克因之裁撤，行省制彻底取代了伯克制。

从伯克制与行省制此消彼长的历程来看，清朝通过两次战后重建彻底完成对伯克制的改土归流。乾隆朝统一新疆后，延续了清初以来对边疆地区因俗而治的政策，对于伯克制度有统有放，既对其进行有利于己的改造，统其职，削其权，又将其作为统治新疆基层社会的工具。光绪朝收复新疆后，一改因俗而治的传统，改设行省，推广郡县，撤销伯克，具有很强的顺势而为的色彩。一方面，清朝自身国势衰微，对边疆地区的统合力和号召力已与清前期不可同日而语，边疆地区对清政府的向心力亦有垮塌之虞；另一方面，外部势力的渗透已严重威胁清政府对新疆的统治基础，清政府必须对新疆尤其对南疆地区加强直接统治，对原有政制进行触及肌理的改造，以抵御外部势力的威胁。

较诸建省后行省制对于伯克制的取代，行省制与军府制则陷入纠缠当中。

2.行省制与军府制的纠缠

（1）军府制的确立

乾隆二十四年（1759），清政府统一新疆。在统一新疆伊始及之后的过程中，清政府在新疆设置了参赞大臣、办事大臣、各级伯克等职，初步建立了官制体系；为了巩固边防，设立了卡伦、台站，实行严刑峻法，以安边疆，铸造制钱，统一货币，在哈密、吐鲁番地区仿照内地体制设立甲长，在南疆遴选村庄头目，管理基层。清政府所采取的这些治理新疆的举措需要新设立政治权威予以统辖。故此，乾隆二十七年（1762），清政府设立总统伊犁等处将军，统辖整个新疆。清政府设立伊犁将军的目的很明确，即巩固战果，震慑新疆，如乾隆帝所言：“伊犁及回部非巴里坤、哈密内地可比，即须驻兵屯田，仍当以满洲将军大员驻守，非镇道绿营所能弹压。”[37]

伊犁将军作为新疆最高军政长官，下设都统、参赞大臣、办事大臣、领队大臣等职，管辖天山南北路。伊犁参赞大臣驻伊犁惠远城，补授无定制，下设管理惠宁城、索伦、厄鲁特等营的办事大臣。乌鲁木齐都统驻乌鲁木齐巩宁城，管理乌鲁木齐、库尔卡拉乌苏、哈密、吐鲁番等地兵丁，下设哈密办事大臣、乌鲁木齐领队大臣、巴里坤领队大臣和吐鲁番满营领队大臣。塔尔巴哈台参赞大臣驻塔尔巴哈台，管理塔尔巴哈台军民事务，下设领队大臣，管理游牧、卡伦等事务。喀什噶尔参赞大臣驻喀什噶尔，管理东四城、西四城事务，下设叶尔羌办事大臣、和阗办事大臣、乌什办事大臣、阿克苏办事大臣、库车办事大臣、喀喇沙尔办事大臣和英吉沙尔领队大臣。此外，札萨克、伯克亦归伊犁将军统辖，统一新疆过程中设立的府厅州县名义上隶属于甘肃布政使司。

伊犁将军是清政府在新疆设置的最高军政官员，但实际上其施政范围仅限伊犁、塔城地区，对新疆南部、东部只具有名义上管辖权，与乌鲁木齐都统、喀什噶尔参赞大臣之间只有名义上的统属关系，都统与参赞大臣遇有要事均可直接向清廷奏报。不唯如此，办事大臣、领队大臣亦有参劾将军、都统之权。“伊犁将军与乌鲁木齐都统、喀什噶尔参赞大臣的关系，犹内地督抚分省而治。”[38]“伊犁将军总统新疆之权限，主要体现在非常时期，诸如四大军政区建制尚未规范时期，新疆境内有军事行动或有外交纠纷发生之时，一般情况下，其总统权限在很大程度上只是形式或名义而已。”[39]由此，清政府在新疆所设之军府体系表面观之虽然条分缕析，层级明确，但内部实则互相牵制，权力分散，没有形成有效统一的领导权威。同时，更为重要的是，与东北等其他边疆地区的军府体制不同，新疆的军府体制对新疆民政的管理难言有序，尤其在长期由伯克治理的南疆地区，军府体制只具有名义上的顶层管理权，基层政事均委诸伯克。

（2）从双府制到抚、军分治

王希隆先生通过对伊犁、乌鲁木齐政治建制、驻防兵力的比较分析，认为“清朝在新疆实际上设立了两个军府，即伊犁将军府和乌鲁木齐都统府”。[40]乾隆三十六年（1771），时任伊犁将军舒赫德奏请在乌鲁木齐设立参赞大臣一员，管理移驻八旗，次年三月，谕准设立乌鲁木齐参赞大臣，“受伊犁将军节制”。[41]但仅仅一年后，因乌鲁木齐设立满营，如仍由参赞大臣管辖与体制不符，清廷遂谕令改乌鲁木齐参赞大臣为乌鲁木齐都统：“从前因乌鲁木齐驻防满洲、绿营兵丁，曾放参赞大臣管辖，俱听伊犁将军调遣。今乌鲁木齐所属地方宽阔，而距伊犁遥远，兵民辐辏，应办事件甚繁，将参赞大臣一缺，改为都统一员，于管辖兵丁，办理诸事，尤为有益，而于体制亦属相符。……仍属伊犁将军节制，听其调遣，所有应奏应办之事，一面奏闻，一面知会伊犁将军。”[42]

之所以能够将乌鲁木齐都统视为与伊犁将军平行的双府之一，原因有三。

一是品秩。乌鲁木齐都统与伊犁将军品秩相同，均为武职从一品，且与伊犁将军、陕甘总督并衔奏事。[43]

二是辖区的军事力量。乾隆朝统一新疆后，从建置来看，全疆共设伊犁、乌鲁木齐、塔尔巴哈台、喀什噶尔四个军政区。从兵力分布来看，塔尔巴哈台和喀什噶尔的军队均为换防兵，总数只有五千余人；而伊犁和乌鲁木齐均为驻防兵，其中，乌鲁木齐驻防八旗兵六千余人，绿营兵一万三千余人，合计近两万人，与伊犁驻防兵数量大致相当。[44]

三是管辖权限。与伊犁将军类似，乌鲁木齐都统治权不限于驻防军和军务，其地的行政事务亦由其管辖。据《三州辑略》记载，乌鲁木齐都统“驻扎巩宁城，统辖满汉文武官员，督理八旗、绿营军务，总办地方刑钱事件（乾隆四十年军机处议覆都统索诺木策凌具奏，乌鲁木齐所属地方命盗钱谷一切案件由该道转呈都统办理，其巴里坤地方一切事件向由该道往报总督办理。查该处距兰州省城四千余里，鞭长莫及，难免贻误，且现在巴里坤、古城、吐鲁番满营事务俱属乌鲁木齐都统总理，应将巴里坤、奇台、古城地方事务全归乌鲁木齐都统办理）。辖领队大臣五、协领十二，节制提、镇、城守营一、所属道一、府一、直隶州一、同知一、通判一、县五。”[45]可见，较诸伊犁将军的管辖权限，乌鲁木齐都统治权的广度不及伊犁将军，伊犁将军在名义上具有总统天山南北之权，但就治权的深度而言，乌鲁木齐都统则有过之而无不及。乌鲁木齐都统除了督办八旗、绿营军务，其辖境因移民数量众多，所设之道府州县亦由其管辖，所有命盗钱谷事件均由其总理。

此种同时存在两个政治中心的双府制一直存续到新疆建省。外敌入侵以及左宗棠收复新疆为革故鼎新提供了可能，清廷“乃改弦更张，以图长治久安”，“将军府之制易为郡县之治，舍去放任政策，进而实际经营”。[46]建省后，“除留伊犁将军、塔尔巴哈台参赞两处旗营外，其余两路之都统、参赞、办事、协办、领队各缺，概予裁撤”。[47]从设立行省至实施新政，新疆逐步增加道府州县的数量，最终形成了四道、六府、八厅、二十一县的行省建置框架。“虽然新疆政治制度多元化的局面仍然在继续，但是在大部分地区已经形成了一个相对整齐划一的政治体制。”[48]需要强调的是，此期伊犁将军与乌鲁木齐都统分权的双府制虽然不复存在，但新疆巡抚与伊犁将军并存，名义上仍同时存在两个政治权威，新疆亦未实现军政权力的高度统一。

新疆建省后，郡县作为基层治理的载体逐渐取代原有的参赞大臣、办事大臣、领队大臣等职，是治理方式由粗放向精细的转变，由间接向直接的转变。但较诸内地行省，新疆巡抚具有一定的特殊性，即其所统领的郡县行政体系并非对原有军府制的鼎革和替换，而是在一定程度上继承了军府制下军政合一的治理方式。军府制下各级官员的职责虽偏向于军事功能，但亦管辖行政、司法、财政等事务，是以军事功能为主抑或以军统政的军政合一体制。行省制下新疆巡抚除了具有内地行省巡抚所具有的“布德意，抚安齐民，修明政刑，兴革利弊，考核群吏，会总督以诏废置”等职能外，兼兵部侍郎右副都御史，具有督办全疆军务、节制文武之权。其下之各道除管理钱粮外，亦兼兵备道，节制辖境武职。因此，虽然在军事职能方面巡抚及各道只具有军政管理权而无直接调动、指挥军队之权，但新疆的行省制仍具有军政合一的特质，只不过是以政统军的军政合一，而非军府制下的以军统政。

在清末新疆政制改革进程中，如何协调行省制与军府制即巡抚与将军的关系一直是改革的重点问题。早在建省之前，刘锦棠即对建省后可能形成的巡抚与将军治权重叠的局面深表担忧，奏称：“如设巡抚，不但镇迪道无须都统兼辖，即将军亦毋庸总统全疆，免致政出多门，巡抚事权不一。”[49]改设行省后，伊犁将军的治权虽被压缩至伊、塔一隅，但仍“有专理蒙、哈部落之权”，“人民既判，土地遂分，而政治因之阻格，遂有一剖不可复合之势”。[50]

从新疆建省一直延续到清亡的抚军分治为彼时新疆独有的政治现象，表面观之，这是新疆政制改革不彻底的表现，但笔者认为，这非但不能说明新疆政制改革的成效，而且是清廷加强对新疆统治的刻意之举。清初以降，在清朝中央和地方行政体系中，军政大权由满人掌控。根据齐清顺、田卫疆考证，历任伊犁将军中除海禄、松筠、长龄以外均为满人，军府体制下新疆所设之都统、参赞、办事大臣、领队大臣等职务亦大多由满人担任，郡县制下之道府州县职务大多为满缺，如镇迪道所属各道府州县职务共计165人次任职，其中，满人106人次，汉人42人次，蒙古人15人次，满人占据绝对优势。[51]太平军兴后，伴随汉族地主武装的迅速崛起，汉族官员在整个官僚行政体系中的地位得到提升。左宗棠收复新疆的过程也是汉族官员逐渐掌控新疆基层治理事权的过程，新疆改设行省是对新疆基层治理事权发生由满族官员向汉族官员转移的追认，但为了最大限度保留伊犁将军的权力，同时限制巡抚的权力，清廷采取了不设总督、巡抚与将军并立的做法，这既是满汉官僚集团在权力分配问题上的妥协，也是清政府在完全掌控新疆主权和治权后，为了加强中央对地方督抚的控制，避免内地行省督抚尾大不掉之势在新疆重演，而有意为之的制度安排，如此，巡抚与将军之间互相牵制，无法形成一家独大。

从建省后新疆政制改革的过程来看，伊犁将军与新疆巡抚之间多有牵绊，光绪十五年（1889）伊塔道治权之争是最明显的表现。清政府也充分利用了两个政治权威的制约关系，在其认为必要时单独推崇一方，打压另一方，最明显的例证是光绪三十一年（1905）清廷赋予第二次任伊犁将军的长庚节制新疆文武、兵饷及一切事务的权力。[52]此种政治生态一直持续到清亡，部分新政举措受其所累，如巡抚袁大化在办理垦牧各政时，“因蒙哈地方多属将军统辖，不免先自怀越俎之嫌，亦实有窒碍难行之处”，可知“畛域之见，起于习惯而中于人心，事地使然，牢不可破”。[53]由此，袁大化再起设立总督之议，理顺抚、军关系，将巡抚、将军全部裁撤，“改设新疆总督，兼理巡抚事务，伊犁设副都统，归总督节制”。[54]但此议因拟对新疆权力运作模式进行彻底更张，牵扯甚广，终未得行。

姜刚认为“伊犁将军对新疆巡抚军政权力所造成的分割和制约，实际上成为全疆实现完全的军政一体化的最大的障碍”，抚军并立“是为了维护满族贵族在新疆的权力利益，客观上造成了对新疆巡抚权力的分割，削弱了新疆权力体系的统一性”。[55]此论颇具见地，但笔者认为，除了要认识到抚军分治的客观结果，还须注意清政府的主观动机，即在清末新政时期中央政府对边疆地区政制进行与内地行省同质的改革的大背景下，清政府为何要在已经改设行省的新疆保留军府制，而且赋予其相当大的权力。究其原因，除了上文提到的限制巡抚之权、避免尾大不掉以外，更重要的原因是清政府将此种政治形态作为统合疆域的重要手段。具体而言，新疆建省及所进行的基层政制改革使得直接治理在新疆绝大部分地区成为可能，在府厅州县—省—中央这个垂直权力结构中，省对府厅州县的掌控达到历史最佳时期，但中央对省的统治力度则远不及省对府厅州县的统治力度。故此，在收复新疆后已无分离之虞的情况下，清政府积极介入并主导省级权力运作，在抚、军权力纠葛过程中凸显中央权威，以加强对新疆的统合。

总体来看，新疆建省后虽然巡抚与伊犁将军并存，北疆的札萨克制和哈密王仍然保留，对南疆基层宗教势力亦触动不大，具有一定的不彻底性，但改设行省“加强了新疆与祖国内地在政治上经济上的统一，又在一定程度上解放了生产力，从而为清朝统治最后时期新疆政局的稳定提供了保证”，[56]是“中国边疆史上的里程碑”。[57]

同时，需要指出的是，新疆改设行省是清朝君臣对于新疆在整个疆域中的地位的认知发生转变的体现。乾隆帝称统一新疆是“天恩助顺”，“继述祖宗未竟之志事”，[58]以此证明统一新疆的必要性和合理性。但彼时清朝官员并非全都赞成耗资靡饷经营新疆。乾隆帝对此谕称：“自平定西陲以来，酌减沿边防秋兵马，及酌裁各省驻防汉军粮饷、马乾等次，除抵补新疆军费外，每年节省银九十余万两。”[59]可见，乾隆从全局着眼，认为平定新疆减缓了国家整体军事威胁，饷费不升反降，此点正如魏源所言：“新疆不惟未尝靡饷，而且节帑，其费财者又安在。”乾隆朝以降，弃守新疆之争并未消弭。道光十年（1830），浩罕侵扰新疆之时，有廷臣提出放弃西四城；[60]同治十三年（1874），围绕海防与塞防之争，李鸿章称乾隆朝统一新疆“徒收千里之旷地，而增千百年之漏卮”，主张“新疆不复，于肢体之元气无伤”，即放弃新疆之议。[61]道光帝作为最高统治者对于经营新疆的价值亦有摇摆之论：“如此长途远戍，即获平安，无非代内地回众看守家园”，“于奸夷毫无损伤，试问成何事体？”[62]除以上放弃新疆的观点，力主经营新疆、统合新疆亦不乏其人。龚自珍称“千万年而无尺寸可议弃之地”；左宗棠则从整个疆域安全着眼，提出“重新疆者，所以保蒙古，保蒙古者，所以卫京师”。[63]此种将新疆与国家安全联系起来的观点最后成为主流，在内外形势的逼迫下，清政府最终认定即使放弃新疆“虽欲闭关自守，势有未能”。[64]此后，不但通过军事征讨重新将新疆纳入版籍，且通过改设行省、对政制进行与内地行省同质的改革，彻底终结了君臣关于经营新疆得失摇摆不定的态度，这是清朝治疆方略的战略性变革。